วัดกาญจนสิงหาสน์วรวิหาร เดิมชื่อ วัดทอง สร้างขึ้นในสมัยอยุธยา ไม่ปรากฏนามผู้สร้างและปีที่สร้าง แต่ตามประวัติที่เล่าสืบต่อๆ กันมาว่า เมื่อในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย มีพ่อค้าชาวจีนสองพี่น้อง แซ่ตัน ชาวบ้านเรียกกันว่า เจ้าขรัวเงินและเจ้าขรัวทอง’ได้เข้ามาตั้งรกรากค้าขายจนร่ำรวยแล้วจึงได้สร้างวัดขึ้นที่บริเวณสองฝั่งปากคลองนี้ คือ วัดเงินกับวัดทอง ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก รัชกาลที่ ๑ วัดนี้ทรุดโทรมลงเป็นอย่างมาก สมเด็จพระรูปศิริโสภาคย์มหานาคนารี พระชนนีของสมเด็จพระอมรินทราบรมราชินี โปรดให้ทำการบูรณะเสียใหม่ และโปรดให้สร้างกุฏิเพิ่มขึ้นเป็น ๓ คณะ คือ คณะกลาง สร้างเป็นกุฏิชนิด ๔ ห้อง ปลูกขวางทิศเหนือกับกุฏิชนิดแถว ๒ แถว แถวละ ๖ ห้อง โดยมีหอฉันอยู่ตรงกลาง และสร้างหอระฆังไว้ด้านหน้า ส่วนคณะตะวันออกและคณะตะวันตก สร้างเป็นหอฉันขวางทางทิศเหนือ ๒ คณะ ทางทิศใต้ สร้างหอพระไตรปิฏกอยุ่ติดกับกำแพง นอกจากนี้ ยังโปรดให้สร้างศาลาการเปรียญไว้ริมคลองหน้าพระอุโบสถ ศาลาสามหน้า และศาลา ๒ หลัง หลังหนึ่งตั้งอยู่หน้าปรก อีกหลังหนึ่งอยู่ข้างศาลาการเปรียญทางทิศตะวันออก พร้อมทั้งโปรดให้บูรณปฏิสังขรณ์ถาวรวัตถุอื่น ๆ จนครบบริบูรณ์
ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระราชทรัพย์ให้บูรณปฏิสังขรณ์เพิ่มเติม แล้วทรงสถาปนาวัดทองขึ้นเป็นพระอารามหลวง ทั้งยังทรงบำเพ็ญพระราชกุศลเพื่ออุทิศถวายแด่ สมเด็จพระรูปศิริโสภาคย์มหานาคนารีด้วย
เมื่อ พ.ศ. ๒๓๙๗ ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว’ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามวัดเสียใหม่ว่า “วัดกาญจนสิงหาสน์” ต่อมาใน พ.ศ. ๒๔๐๖ โปรดเกล้าฯ ให้บูรณปฏิสังขรณ์แล้วลงรักปิดทองพระประธานและฐานชุกชี นับจากนั้นมาก็ไม่ได้มีการบูรณปฏิสังขรณ์อีกทำให้เสนาสนะชำรุดทรุดโทรมและหักพังลงเป็นส่วนมาก มีเพียงพระอุโบสถ ศาลาการเปรียญ และศาลาสามหน้า ที่ยังคงเป็นรูปเดิมอยู่ ต่อมา ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงมีการก่อสร้างและบูรณปฏิสังขรณ์เรื่อยมา จนถึง รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช รัชกาลปัจจุบัน จึงทำให้วัดมีความเจริญรุ่งเรืองเป็นอย่างมาก